Jabatan Perubatan Hospital Tuanku Ja’afar, Seremban merupakan jabatan rujukan utama dalam perkhidmatan perubatan di hospital ini. Jabatan ini bukan sahaja mengendalikan klinik perubatan am bahkan beberapa klinik “sub-specialty” yang lain antaranya Klinik Nefrologi, Klinik Rheumatologi, Klinik Neurologi dan lain-lain lagi. Klinik diadakan pada setiap hari, sesi pagi dan petang, kecuali pada hari Khamis dimana sesi petang diperuntukkan bagi aktiviti CME (Continuous Medical Education) jabatan.

Jabatan Perubatan mulai memberi perkhidmatan semenjak Hospital yang sedia ada dibina pada 1966 dengan memberi perkhidmatan Perubatan Am sahaja. Jabatan ini cuba memberikan perkhidmatan yang terbaik bagi kes kes yang dirawat di wad dan juga di Klinik Pesakit Luar. Sehingga hari ini Jabatan ini telah memperluaskan perkhidmatannya dengan memberi perkhidmatan subspeciality dengan mendapatkan khidmat dari Pakar di jabatan ini atau dari Hospital yang berdekatan dalam bidang Haematologi, Gastoentrologi, Neurologi, Respiratori dan Geriatrik. Infrastruktur di wad-wad Perubatan masih saperti dahulu dan kesesakan berlaku di wad dengan peningkatan BOR (Bed Occupancy Rate) dan kakitangan yang terhad, tetapi kami cuba memberikan perkhidmatan yang terbaik kepada semua golongan pesakit.